Везде будет. Но что будет во вторичке зависит от топологии преобразователя и от его характеристики обратной связи, опять же. Вообще говоря, конденсатор заряжается через сопротивление, через которое ему дают заряжаться. Кроме того, конденсатор на входе устройства резко включается впараллель с другими возможными уже заряженными конденсаторами, дергая на них напряжение. В спецификации USB, например, емкость входных конденсаторов строго ограничена при питании от шины.