А если проц стартует с одного чип-селекта, грузит FPGA, и после этого получает доступ ко второй половинке? Понятно что изврат, но на всякий случай я бы кинул дорожку от свободной ножки FPGA. Или от процессора. Хотя обычно чип-селект для NAND ставится программно.