Вам нужно разобраться в физике вашего процесса. У меня была похожая задача. Шеф все бредил ПИДом... А там никакой ПИД нафиг не нужен был. Ввиду предсказуемости помех я просто прикладывал управляющее воздействие НАПЕРЕД. Вид и сила управляющего воздействия (короткие "тычки") итеративно подбирался индивидуально для каждого экземпляра устройста. Автоматически. Перебором. Так что очень многое зависит от конкретной задачи.