http://www.societyofrobots.com/bootloader_50_robot.shtml
Самый лучший. Из настрек требует только указать выводы RXD, TXD.
Ни тип процессора, ни частота кварца ему не требуется!
В работе прозрачен. Т.е. при сбросе практически сразу попадаем в 0.
Работает так: сначала запускаем софтину с командной строки с параметрами, потом жмем reset и попадаем в бутлоадер. Усть GUI, но нахрен он нужен...Скорости до 115200 настраиваются только с командной строки. Автободрейт рулит. Програмирование 9КБ заняло 2.8с. Написан целиком на ассемблере, для перекомпиляции требует только avrasm2.exe. Очень легко прикрутился к CVAVR.

http://easyelectronics.ru/avr-uchebnyj-kurs-ispolzovanie-bootloadera.html
Программатор AVRProg прикручивается к бутлоадеру так:
Нажать сброс контроллера. В течении 4-х секунд запустить AVRProg.

При попытке программирования AVRProg стирает весь чип, в т.ч. и бутлоадер. Наверно надо было поиграться локбитами, но после первого варианта как-то не захотелось.

Были и другие варианты, которые глючили, не запускались, были написаны на асме под 162-мегу(лень ковыряться), написаные на ICC, с протоколом XMODEM, общее число переваливает за десяток.
http://easyelectronics.ru/sozdanie-bootloadera.html#more-307
http://www.microsyl.com/index.php/2010/03/30/megaload/
http://arduino.googlecode.com/svn/tags/0015/hardware/bootloaders/atmega/ATmegaBOOT_168.c


Вот такую работу пришлось проделать. Мож кому пригодится...