того, чторазрешены вложенные прерывания, и хэндлер одного таймера прерывает хэндлер другого. в общем для начаа попробуйте запретить вложенные рерывания, ну и разберитесь в ассемблерном коде, чтобы один хэндлер гарантированно заканчивался до того, как будет вызван другой.
судя по тому, что у Вас происходит, весьма вероятны вложенные прерывания (да ещё и не один раз)

код не смотрел - проанализруйте алгоритмы, а для начала посмотрите, чтобы в хэндлерах не было "sei"