Существует древняя родная утилита для программирования через Сom1 или Com2, но позиционировалась как демо, очень неудобная, очень медленная, и на современных ОС работает нестабильно. Была на сайте разработчика.
Меня не устаивала, и удалось найти вот такую замечательную штуку C2oooProg, по ссылке.
Работает как в граф оболочке, так и из командной строки. Там одна проблема, что есть варианты только для ограниченного набора тактовых частот (разработчики ответили мне, что больше не поддерживают эти процы и не будут делать иные варианты). Но и то,что есть, уже хорошо. Ттак же читает и запароленные, если он известен.