отладочная плата атмеловская, J-LINK тоже SAM-ICE. eclipse + zylin плагин.
На мин скорости (5 кГц) вроде работает, но скорость загрузки 200-300 байт в сек, если скорость ставлю чуть выше минимальной начинает отваливаться J-Link или ошибки типа ERROR: Can not read register 0 (R0) while CPU is running

Выглядит например так:
Connected to 127.0.0.1
SAM-ICE found !
Reading all registers
Read 4 bytes @ address 0x00000000 (Data = 0xEA000006)
Read 4 bytes @ address 0x00000000 (Data = 0xEA000006)
Resetting target (halt with breakpoint @ address 0)
Downloading 11456 bytes @ address 0x00300000
Writing register (PC = 0x00300070)
Starting target CPU...
Debugger requested to halt target... // здесь я нажал паузу
Reading all registers
ERROR: Can not read register 0 (R0) while CPU is running
Connection to debugger closed !