Не думаю, что будет какая-нибудь разница при наличии буферов. Для повышения надежности системы во всех сигнальных цепях - резисторы. А иголки на входных сигналах проще программно фильтровать. Я во всех платах дискретного ввода делаю для входных сигналов цифровые фильтры на основе цифрового интегратора + цифрового компаратора с гистерезисом. Можно и простые FIR применить.