Таймер вроде настраиваем на работу от канала 0 системы событий, а в конце вдруг запуск от тактовой частоты...
void QDEC_TC_Dec_Setup(TC0_t * qTimer, TC_EVSEL_t qEventChannel, uint8_t lineCount){
/* Configure TC as a quadrature counter. */
qTimer->CTRLD = (uint8_t) TC_EVACT_QDEC_gc | qEventChannel;
qTimer->PER = (lineCount * 4) - 1;
qTimer->CTRLA = TC_CLKSEL_DIV1_gc; // Какого хрена не от канала 0?!!
}