Насчет C4 ерунду написали. Эта емкость компенсирует делитель, образованный R9R12 и входной емкостью U1:2.

ФНЧ в теории, конечно, нужен, но простая RC-цепочка проблемы наложений спектра не решит. Да и не ставят обычно anti-alias фильтров в цифровые осциллографы. По этой причине при наблюдении высокочастотного сигнала можно видеть причудливые картинки. Их нужно отсеивать вручную.

Насчет буфера для опорного напряжения они правы. В даташит указывается нагрузочная способность для REF OUT 300 мкА. Нужно или увеличить номиналы R9R12 раз в 10, или поставить буфер. Увеличение номиналов вызовет сильный завал на ВЧ, нужно будет подбирать C4. Возможно, что даже при указанных номиналах колебания REF не будут слишком большими. Это же всего лишь индикаторный прибор. Хотя если строго следовать даташит, так делать нельзя.

На входе АЦП я всегда ставлю небольшую емкость рядом с ножками микросхемы, очень эффективно снижает уровень помех.

Питание на USB очень "грязное", я бы от него аналог не питал. Или сделать линейником 3.3 В (если этого хватит), или поставить ключевик.