Возможно просто несогласованная линия. Отражение. С выгоранием от этого правда не сталкивался, но с зависанием - бывало. Самый простой способ борьбы - уменьшить скорость нарастания данных выходных сигналов в ПЛИС (некоторые плис имею такие опции). Чуть посложнее - врезать последовательные резисторы в данные цепи рядом с выходами ПЛИС.