Почему-то в таймере ограничение-при включенном Waveform generator должен быть отключен Event action. Иначе бы без проблем совсем.
Хотя, можно попробовать, вдруг пройдет:
В регистре Event system CHnMUX указываем источник для выбранного канала Event channel source, например TCxn_CCA (Timer/Counter Capture or Compare A) -табл. 6.4 даташита
Во втором таймере в регистре CTRLD указываем используемый Event channel и что делаем (Event action), например Restart waveform period - пункт 14.12.4 даташита.