Итак:
1. Часть флеш памяти отдана под диск.
2. В область загрузчика кроме кода, обеспечивающего загрузку прикладной программы, размещен код, предоставляющий доступ к организованному диску методом файловой системы.
3. Прикладная программа для доступа к файловой системе может использовать функции, размещенные в загрузчике, для этого она должна уметь их вызывать. Как это сделать? Связать с одним из прерываний в области векторов прерываний (местоположение этой области известно и предопределено) функцию, обращаясь к которой будут осуществлены необходимые вызовы функция файлового IO. При этом в области прерываний будет размещен код типа RJMP xxx. Если прикладная программа быдет осуществлять CALL INTxxx, то управление перейдет как раз к требуемой функции. Если в определенном регистре разместить ID требуемой подфункции, то можно осуществить обращение к файловой IO.