Я заново только пады создавал. Я сначала вырезал видимый контур. Потом через ctrl+a выделял все, потом del - удаляются обьекты за пределами платы. Потом назад вставлял, то что вырезал по точке привязки - оставалось создать недостающие пады. Проблема была в том, что все равно нужно было в документацию заглядывать для установки координат.