Задача сформулирована точно.
Другим способом задачу решить нельзя.
Необходимо генерация 2-х задержек исключительно аппаратно, с внешним
запуском и внешней тактовой серией.
Программно можно только менять уставки задержек.
Синхронно с внешним запуском.
---
Цифровой компаратор оказался несовершенным - убогим каким-то.
Форсированное сравнение не записывает результат сравнения в в выходной триггер - оно может только установить его в заданное значение, если значение регистра счётчика достигло или превысило значение регистра сравнения. Это надо специально постараться. Ибо что может быть
проще записи бита в триггер ? :0
При этом в аппаратной логике процессора имеется баг - в режиме "тоггле" почему-то подача сигнал на выход происходит более сложно, в том числе и не правильным образом.
Исходник получился таким:

// Инициализация:
....
// инициализаци таймера 1 
 TCNT1  = 0;
#ifdef T1MODE_TOGGLE
 TCCR1A = 0x50;// спрограммируем моду "toggle"
#endif

#ifdef T1MODE_AUTO // вариант сброса счётом, без использования FOC
 TCCR1A = 0xF0;
#endif

#ifdef T1MODE_FOC // вариант сброса c использованием FOC
 TCCR1A = 0xF0;
#endif

 TCCR1B = 0x07;// Внешняя серия
  
#ifdef T1MODE_TOGGLE
 OCR1A = 2-1; // "-1" поскольку к выходу подключен синхронизатор с 
 OCR1B = 3-1; // c серией 1 мгц. Он даёт задержку на 1 такт
#endif

#ifdef T1MODE_AUTO
 OCR1A = 3-1;
 OCR1B = 4-1;
#endif

#ifdef T1MODE_FOC
 OCR1A = 4-1;
 OCR1B = 5-1;
#endif

// разрешаем прерывание таймеру 1
 ITT1_EN

#ifdef T1MODE_AUTO
 o1st=0;
#endif
 
//   разрешим все прерывания           
 EI
....

//----------------------------------------------------------------
// прерывания от таймера 1   
//
interrupt [TIMER1_OVF1_vect] void t1_tim (void)
{
#ifdef T1MODE_TOGGLE
 T1CLK_RES
 
 TCNT1 = 0xFFFF; // для "правильного" сравнения

//#define OCR1ARES        if(PIND & (PD5)) {TCCR1A |= FOC1A;}
//#define OCR1BRES        if(PINE & (PE2)) {TCCR1A |= FOC1B;}

 OCR1ARES
 OCR1BRES

 TCNT1 = 0;
// SCOP1
// SCOP0
#endif 
 
#ifdef T1MODE_AUTO // сброс счётом небольшого количества внешних тиков
 switch(o1st)
 {
  case 0:
         TCCR1B = 0;
         TCCR1A = 0xA0;
         OCR1A  = 0xFFFE;
         OCR1B  = 0xFFFE;
         TCNT1  = 0xFFFD;
         TCCR1B = 0x07;
         o1st=1;
  break;
  case 1:
         T1CLK_RES
         TCNT1  = 0;
         OCR1A  = 3-1;
         OCR1B  = 4-1;
         TCCR1A = 0xF0;
         o1st=0;
  break;
  default: o1st=0;break;            
 }
// SCOP1
// SCOP0
#endif


#ifdef T1MODE_FOC // программный сброс сигналом FOC

         T1CLK_RES        // запрет счётной серии
         TCNT1  = 0xFFFF; // сравним с максимумом
         TCCR1A = 0xA0;   // выдать 0 (фактически это вызовет сброс)
          
         TCCR1A |= FOC1A | FOC1B; // произвести сравнение (сброс)

         TCNT1  = 0;    // подготовимся к следующему циклу работы
         TCCR1A = 0xF0; 
#endif

}
//----------------------------------------------------------------