Можно использовать аппаратные приемопередатчики процессоров (последовательные или SPI), тогда процесс передачи данных не будет грузить контроллера, а когда у них появляется свободное время, они пусть смотрят на флажки. Есть контроллеры с несколькими COM-портами ...
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)