С помощю логич схемы можно выделить отдельно эти каналы и подавать на 2 прерывания.Я учавствовал в разработке блока изм. глубины для геофизич. станции на таком принципе.Можно поискать схемы проги.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)