Это относится к одной ячейке. Т.е. после 100000 раз перезаписи ее, нужно уже писать другую ячейку. Это хорошо объяснено в аппноте "AVR101 High Endurance EEPROM Storage" (doc2526.pdf) от Atmel.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)