Наиболее вероятно просто разные напряжения при считывании. У меня есть старый отпшный кристалл, который без вопросов пишется при 5В питании в программаторе, но в 3-вольтовой схеме уже не работает.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)