Ответ: Я мог бы слить кучу литературы, как проводить расчет для USB hi-speed, но это ни к чему. Я попробую найти ссылки, многие из которых лежат на сайте Altera (по теме Hi-speed PCB design). FX2 требует чтобы были выполнены некоторые спец. трбования, например длина дорожет от разьема до чипа должна быть около 25мм. Из опыта могу сказать, что нарушение жестких требований не ведет к катастрофе, сигнал слегка может быть деградирован, USB будет работать. К сожалению не могу привести точных данных, насколько может быть разброс волнового сопротивления и др. параметров, попробуйте промоделировать.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)