а что есть выбор? процессор переконфигурится постоянно. Ни одна ось не выдерживает. В квартусе - можно поставить галочку - использовать rtos - тогда (по идее) она должна самонастроиться.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)