Ваще то флаги при обработке обнуляют. В даташитах написано "сбрасывается программно" . А устанавливается независимо от маски, но если прерывание замаскировано, то оно есс-но не генерится.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)