У меня не было и в подпрограмме обработке таймера по сравнению (в режиме с автоматической перезагрузкой) я запускал второй таймер на время, меньшее чем необходимый мне период. По его прерыванию я делал sei и sleep. Т.о. по прерыванию от первого таймера авр выходил всегда за гарантированное количество циклов из идла, а не фиг знает откуда.
В вашем случае можно установить режим с автоперезагрузкой, разрешить выход частоты на ногу проца, но запретить прерывания от этого таймера. На ноге получится частота +-2CLK проца.
С уважением, Соколовский Михаил
E-mail: info@telesys.ru