Вы работали с MSDN когда-нибудь? Вся база там - набор отдельным chm, которые объединены через один заглавный chm, который всегда запускается первым и "знает" обо всех остальных архивах. Думаю тут нужно делать также.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)