При создании новой платы, по умолчанию все элементы ложатся в слой "Top". Для того чтобы элемент перенести в слой "Bottom" нужно его пометить (щелкнуть по нему мышью удерживая Cntr) а потом выбрать слой Bottom (нажать цифру 2 на клавиатуре)
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)