В флэше чтобы изменить один байт вам придется переписать всю страницу (а это может быть и 16 и 128 байт или еще больше). А в EEPROM можно модифицировать каждый байт в отдельности + больше ресурс перезаписи.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)