Не думаю, что периодический выход из Suspend спасет вас - ОС решит что device malfunctioning. Мне кажется, если нет другого выхода - заведите кнопку "resume/reset". A вообще такого у меня не наблюдалось. Какой чип используете?
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)