Разделение на зоны должно быть, но программное, а не аппаратное. Зона, выделенная для кода бутлоадера, не должна перезаписываться. А зона апп перезаписывается и проверяется контр.сумма перед запуском. И тогда No Problem !
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)