Уже обсуждалась такая тема. Если аппликуху пишешь ты сам, то жаловаться не на кого. :) А если боишься, что в результате сбоя будет выполняться инструкции SPM, то бутлоадер от этого не спасает - программа может jmp-нуть из аппликухи в бутлоадер и там натворить дел.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)