А сперва надо оставить пин в покое (на вход), потом задать значение ШИМ, проинициализировать, запустить счётчики только потом включать пин на выход. Иначе не понятно - что там в счётчике по умолчанию.
(«Телесистемы»: Конференция «Микроконтроллеры и их применение»)