К примеру драйвер. В МЕ можно сделать .vxd, а можно сделать WDM. А можно вааще без драйвера, напрямую к портам. Так единственно верный путь - работа через WDM-драйвер. Тогда адапция его к 2К/XP заняла бы меньше дня. Далее. Win API. В его описании сразу есть, что w98/ME онли, что только в ХР, а что есть везде. Так пользуйтесь при разработке тем, что везде. Уж это-то элементарно. Таким образом, если при написании софта не изголяться, используя несовместимые между веток операционок вещи, то софт пойдет сам по себе и на МЕ, и на ХР.
ЗЫ правда меня как-то 95-98-МЕ миновала. Мой путь был DOS-OS/2-NT4.0-XP