1. На приводах такого класса редко ставят фильтры на выходе. В итоге есть шансы вместо измерения выходной частоты измерять частоту ШИМа.
Без начальной фильтрации сигналов не обойтись. Я бы:
- выяснил частоту ШИМ;
- посчитал L(R)C фильтр, восстанавливающий модулирующую синусоиду;
- и уж потом бы начал думать, как гальванически развязать сигнал.
2. Попробуйте погуглить - вполне возможно, что протокол связи с пультом - какой-нибудь стандартный (типа сименсовского USS), и данные можно будет вытянуть сразу в цифре.