Это все зависит от конкретных условий. В подавляющем большинстве случаев в программе есть запас хотя бы на несколько тактов, этого хватит. А если загруженность процессора 100% и вставление одного NOPа в программу срывает реалтайм, то да, и эмуляционный останов сорвет реалтайм. Это означает лишь то, что либо программа плохо написана, либо процессор выбран слабоват, с нулевым запасом.