NTFS поддерживает потоки в файлах. Т.е. можно в один поток (основной) записать саму прошивку, а в другой - батник с фузами. Потоки в zip упаковываются вместе с файлом и тягаются независимо от файловой системы. Распаковка потока в отдельный файл батником делается одной командой, запуск - второй;). Проблем аж 2 - там, где программатор будет использоваться должна быть NTFS, а вторая - более специфична - многие антивири ну очень боятся этих потоков и страшно паникуют;))) Хотя если файл зашифровать, могут и не ругаться, но момент распаковки-то где-то должен быть;)
С другой стороны, если сделать наоборот - прошивку спрятать в скрытый поток, то непродвинутый получатель нихрена и не увидит;)