Один замер/ms. Минимальная частота 1000 Гц - период 1 ms. Т.е. считать нужно опорный сигнал от фронта до фронта измеряемого. При 200 кГц период 5 мкс и точность нужна 1% - т.е. ошибка измерения времени не более чем на 50нс. Суммарная ошибка "захвата" измеряемым сигналом опорного может достигать двух периодов, поэтому опорный тактовый сигнал должен быть периодом не более 25 нс или 40МГц. Отсюда вывод - CPLD. Ну а за $10 можно найти подходящую.