у него Таймер 1, являясь результатов вычислений, все равно окажнтся далековато от инициализации Таймера 2. Причем недетерминированно, т.к. условий много. А в приведенном фрагменте единственно что здесь можно сделать - это во все места инициализаций Таймера 1 сунуть строку TCNT2=0x80;. Тогда таймеры запляшут более-менее от одной печки, и все float-вычисления просто выпадут из измеряемых отрезков - и все.