Как часто нужно регистрировать разность ? Т.е. с какой периодичностью нужно получать разность частот ? С какой интенсивностью меняется частота "измерительной" частоты ? И потом, если делать, то не на том, что вы написали, а на МК какомнибудь шустром или CPLD типа MAX30..